Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Дагестанский федеральный исследовательский центр Российской академии наук было организовано как Дагестанская научно-исследовательская база Академии наук СССР постановлением Совета Народных Комиссаров СССР от 30 октября 1945 г.; постановлением Президиума АН СССР от 6 октября 1949 г. База переименована в Дагестанский филиал Академии наук СССР; постановлением Президиума АН СССР от 29 января 1991 г. № 34 Дагестанский Филиал Академии наук СССР преобразован в Дагестанский научный центр Академии наук СССР. Дагестанский научный центр Российской академии наук переименован в соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 18 декабря 2007 г. в Учреждение Российской академии наук Дагестанский научный центр РАН.

Постановлением Президиума Российской академии наук от 13 декабря 2011 г. № 262 изменено наименование Центра с Учреждения Российской академии наук Дагестанского научного центра РАН на Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Дагестанский научный центр Российской академии наук.

В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ "О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации" и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р Центр передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. №215 "О структуре федеральных органов исполнительной власти" и распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 июня 2018 г. №1293-р Центр передан в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.

В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 11 декабря 2018 г. №1138 "О реорганизации Федерального государственного бюджетного учреждения науки Дагестанского научного центра Российской академии наук" Дагестанский научный центр РАН реорганизован в Дагестанский федеральный исследовательский центр РАН.

Центр является структурным звеном Российской академии наук - региональным научным центром РАН. Центр объединяет членов РАН, работающих в Республике Дагестан, и научных сотрудников подведомственных РАН организаций, расположенных в данном регионе. Центр в пределах делегированных Президиумом РАН полномочий осуществляет управление подведомственных РАН организаций, расположенных в Республике Дагестан.  

Основной целью деятельности ДФИЦ РАН является организация и проведение научных исследований, а также прикладных работ, имеющих большое значение для социально-экономического и культурного развития региона.

При президиуме ДФИЦ РАН функционируют структурные подразделения: Отдел математики и информатики (ОМИ), Аналитический центр коллективного пользования (АЦКП),   Лаборатория комплексных исследований природных ресурсов Западно-Каспийского региона (КИПР), Научная библиотека, Кафедра философии и иностранных языков.

ДФИЦ РАН объединяет девять научных учреждений РАН, расположенных на территории Республики Дагестан. По состоянию на 1 января 2020 г. общая численность постоянно работающих в учреждениях ДФИЦ РАН составляет 620 человек, в том числе 378 научных сотрудника. В учреждениях Центра работают 4 действительных члена РАН: академик Амирханов Хизри Амирханович ( ИИАЭ) и 3 члена-корреспондента РАН: Муртазаев Акай Курбанович (ИФ), Камилов Ибрагимхан Камилович (ИФ), Магомедов Магомед-Расул Дибирович (ПИБР). Среди ученых Центра 76 докторов и 188 кандидатов наук.